朱可夫上任后深感形势岌岌可危，战争迫在眉睫，于是便认真抓了战前军队动员计划和战役战略展开计划。其实，在他上任以前，在沙波什尼科夫元帅、梅列茨科夫大将和瓦杜丁中将领导下已经制定了作战计划和动员计划，只不过由于斯大林的错误估计形势，选错了德国军队的进攻方向，使苏军在战争初期造成重大损失。

　　斯大林错误地认为，法西斯德军在对苏战争中首先是力图占领乌克兰和顿涅茨河流域，以夺取苏联最重要的经济地区，掠夺乌克兰的粮食、顿涅茨克的煤，然后是高加索的石油。斯大林在1941年春天审查作战计划时说：“没有这些最重要的资源，德国法西斯就不可能进行长期的大规模的战争，德军的主要突击方向必定在这里。”

　　斯大林享有崇高的威望。任何人都没有想到去怀疑斯大林的意见和他对形势的分析。但是斯大林在判断敌人的主要突击方向上确确实实犯了错误。

　　1941年2月批准了军队动员计划（组织问题和物质问题）的最后一个方案，称这“—41号计划”，这个计划下发各军区，并指示在1941年5月1日以前完成原动员计划的修改。西部国境的筑垒地域，是从1940年初开始构筑的。构筑筑垒地域的方案，是斯大林根据伏罗希洛夫和沙波什尼科夫的报告批准的。可是工程1941年6月还没有完成。

　　战争开始前建成的钢筋混凝土工事约有2500个，其中1000个装备有要塞炮，其余的1500个只装备有机枪。

　　关于新的筑垒地域，国防人民委员和总参曾多次指示各军区加速构筑。每年有将近14万人在新国境线上构筑工事。

　　朱可夫援引总参谋部1941年4月14日就这个问题专门下达一个训令摘录，着重指出，一直到战争爆发也没有真正建筑起来。

　　“红军总参谋部虽三令五申，但永备工事安装武器和做好战斗准备的进度，仍迟缓得令人不能容忍”。

　　根据斯大林的错误指示，当时认为最危险的战略方向是西南方向的乌克兰，而不是西部方向的白俄罗斯。而1941年6月希特勒统帅部恰恰将主突方向选在西部方向，在白俄罗斯方向集中使用了最强大的陆军空军集团。正是白俄罗斯方向距离苏联首都莫斯科最近。

　　这一错误付出了很大的代价。朱可夫作为总参谋长不得不在战争的前几天里，把早先集中在乌克兰和后来调往那里的第19集团军全部和第16集团军的许多部队和兵团，转移到西部方向，加入西部方面军的编成内从行进间进入交战。毫无疑问，这个情况对于西部方向的防御作战进程是有影响的。这便贻误和失去了战机，给敌人提供了有利条件。

　　斯大林在战前，轻信了情报部门向他提供的假情报，并对真情报做了错误的分析。作为总参谋长的朱可夫和作为国防人民委员的铁木辛哥并不了解那些情报。直到1953年3月斯大林病逝后，从历史档案中才查明那些宝贵的情报，也弄清了斯大林在战争迫在眉睫情况下，仍听不进朱可夫正确分析和评估的奥秘。

　　明明知道德国法西斯军队在苏波边界、苏德边界大量集结军队，形势每况愈下，朱可夫决定调动部队，针锋相对，下令进入一级战斗准备，斯大林仍犹豫不决，生怕触犯了德国，影响两国关系，给人以口实，受人以柄。

　　直到1941年6月20日晚上，德军发起进攻的前一天深夜，基辅军区参谋长普尔卡耶夫中将向朱可夫紧急报告，从一德军投诚司务长口中得知，德军已进入出发阵地，德军将在6月22日凌晨全面发动进攻。

　　获悉如此重大情报后，朱可夫立刻向斯大林报告。他依然忧虑。他问：

　　“这个投诚者不会是德国将军为了挑起冲突而派来的吧？”

　　铁木辛哥果断地回答：“绝对不是。我认为投诚者说的是实话。”

　　朱可夫主张立即命令边境军区进入一级战斗准备。斯大林不同意。他认为“现在下令为时尚早，也许问题可以和平解决。”还一再叮嘱“边境部队不要受任何挑衅影响，以免问题复杂化。”经过朱可夫的争取，下了一个命令，但将斯大林的命令也写进去。凌晨才将命令下去，使边境部队无所适从。过了三个半小时，德国法西斯军队就背信弃义，不宣而战。

　　德军发起总攻时，斯大林正在克里姆林宫里睡觉。朱可夫向他报告。开始，秘书不接电话，说怕影响斯大林休息。经过朱可夫一再坚持，才叫醒斯大林。他听朱可夫十万火急的报告后，在电话里沉默好长时间不表态。最后，让他们和政治局委员立刻到克里姆林宫来开会，说需要讨论一下。

　　人员到齐后，斯大林还坚持说：

　　“应该立刻给德国使馆打一个电话。”

　　不久后，德国大使主动找上门来，向外交部长莫洛托夫递交了一份“宣战书”。

　　斯大林顿时脸色苍白，木然地坐在那里，手里握着装满烟草的烟斗。沉思，一阵长时间的令人难以忍受的沉寂。

　　朱可夫站起身来，建议立刻下令迎战、还击……

　　战争初期，由于准备不足，前线一片混乱。为了集中智慧有效地统率这场战争，成立了统帅部。后来又成立了国防委员会和最高统帅部，斯大林担任最高统帅。

　　为了摸清前线情况，斯大林于6月22日下午1点打电话通知朱可夫：

　　“我们各个方面军司令员缺乏足够的作战指挥经验，看来有点发慌。政治局决定派你到西南方面军担任统帅部代表。还准备派沙波什尼科夫和库利克去西方面军。他二人已到我这里接受指示。你必须马上飞往基辅，会同赫鲁晓夫到设在捷尔诺波尔的方面军司令部去。”

　　朱可夫问斯大林：“在目前这样复杂的情况下，由谁来领导总参谋部呢？”

　　斯大林答道：“让瓦杜丁留下吧。”

　　然后稍微带点怒气地补充说：“请你抓紧时间。不必担心我们，这里好歹可以对付。”

　　情况不明，斯大林心里发慌，急于查明前线两军态势，和千方百计地打乱德国法西斯军队的闪击战进攻的布局。

　　在整个伟大卫国战争期间，朱可夫曾以统帅部代表的名义深入前线组织、协调各方面军的作战行动，就地指挥战略性战役，先后共有15次之多，而且不管深入到哪里，都备受下边方面军领导和全体指战员的热烈欢迎。而敌人的情报机关一直在密切跟踪他的行动，他们都把他看作“克星”，一提“朱可夫”的名字都胆战心惊，恐惧万分。

　　朱可夫是杰出的总参谋长，临危不惧，头脑冷静，思维敏捷，洞察深刻，判断情况准确，是统帅最得力的助手。哪里告急，斯大林就把他派往哪里；几度临危受命，几度扭转败局，他上受最高统帅的信任，下受全体指战员的爱戴。他在人民心目中，是胜利的象征。

　　朱可夫火速飞抵乌克兰基辅后，经过深入调研，进一步了解到，7月19日，希特勒发布了下一阶段作战的指令，规定从博克元帅手中调出中央集团军群的装甲部队，派往两翼，其中古德里安装甲兵团掉头向南，去帮助勒布的北方集团军群攻打列宁格勒。

　　7月29日，朱可夫打电话给斯大林请求接见，有紧急情况向他报告。随后，朱可夫带着一张战略形势图、一张德军部署图以及苏军状况和苏联物资技术储备的材料，来到了斯大林的办公室。

　　“来吧，报告你的想法吧。”斯大林说。

　　朱可夫拿着地图，列举了各个方面军损失的数字，报告了编组预备部队的进程，指明了德军的位置及其部署，分析了德军可能采取的战略行动。斯大林眉头紧锁，微微俯身仔细地看着地图。

　　“你从哪里知道德军将如何行动？”善于察颜观色的苏军总政治部主任麦赫利斯在一旁挖苦地问。

　　“我不知道德军将要行动的计划，”朱可夫回答说，“我们的建议是基于对敌军，首先是对敌人在战略性战役中起主导作用的装甲坦克和机械化部队的状况的分析提出来的。”

　　朱可夫继续报告说，莫斯科战略方向上的德军，由于损失太大，最近不可能实施进攻战役；列宁格勒方向上的德军，在没有得到补充兵力之前，不可能夺取列宁格勒；乌克兰的德军正在与苏军对峙。朱可夫认为，苏方最薄弱和最危险的地段是中央方面军，德军可能利用这个弱点，向西南方面军的侧翼和后方实施突击。

　　“你的建议是什么？”斯大林带着一种十分奇特的神情问道。

　　“首先加强中央方面军，至少给它增加得到炮兵加强的3个集团军。同时委派一位经验丰富、能干的方面军司令员，具体说我建议由瓦杜丁担任。”朱可夫继续说道，“西南方面军必须全部撤过第聂伯河，把兵力集中起来，以免被敌包围。”

　　“基辅怎么办，”斯大林蓦地站了起来。

　　朱可夫停顿了一下，他知道，放弃基辅对斯大林，对所有苏联人意味着什么。但他暗暗告诫自己，不能感情用事，作为一名军人在祖国和人民面前有责任提出自己认为当前惟一可能采取的建议。

　　“基辅不得不放弃，”朱可夫紧盯着斯大林的脸色说道，“在西部方向需要马上组织反突击夺回叶利尼亚的突出部，这个桥头堡可能被敌人用来进攻莫斯科。”

　　“哪里还有什么反突击？真是胡说八道，把基辅交给敌人，亏你想得出来。”斯大林冲着他一向依赖的总参谋长怒吼起来。

　　朱可夫脸色一阵红一阵白，他实在忍耐不住了，回敬道：“如果你认为我这个总参谋长只会胡说八道，那么还要他干什么。我请求解除我的总参谋长职务并把我派到前线去。我在那里可能对祖国更有好处一些。”

　　“请你冷静些，如果这样提出问题，那么我们缺了你也能行，”斯大林烦躁地说，“你回去吧，我们马上研究一下再叫你。”

　　半小时后，朱可夫迈着沉重的步子重新回到斯大林面前。

　　斯大林板着脸宣布，决定解除朱可夫的总参谋长职务，由沙波什尼科夫接任。斯大林问朱可夫：“你愿意去哪里？”

　　“我可以做任何工作，可以指挥一个师，一个集团军，一个方面军。”

　　“你刚才说到要在叶利尼亚附近组织反突击，那就请你负责这件事吧。现任命你为预备队方面军司令。”

　　“我一个小时后就赶去报到。”说完，朱可夫敬了个军礼，转身就要走。斯大林拉住了他的手，口气温和、脸带微笑地说，“请注意，你仍然是最高统帅部的成员，来来，我们再一起喝会儿茶，还可以谈谈别的内容。”

　　朱可夫勉强坐了下来，一小时后，他动身前往设在格查次克的预备队方面军司令部。

　　事实证明朱可夫是完全正确的。基辅会战历时一个半月，最后以苏军惨败而告终。9月19日，基辅失陷。约有65万名苏军官兵被德军俘虏，大量物资装备为德军缴获。一再坚持死守基辅的赫鲁晓夫，在基辅失陷前半小时时，同布琼尼、铁木辛哥乘飞机仓皇离开基辅，险些当了德军的俘虏。

　　当初斯大林非旦没有听取朱可夫的逆耳忠谏，还不公正地撤了他的职。朱可夫带着满肚子委屈赶到叶利尼亚前线后，立刻全身心地投入工作。每天工作20个小时左右，以拼命的工作忘却自己受到的不公正对待。他做了大量的准备工作，不仅察看地形、熟悉部队，而且亲自审问德军俘虏，了解德军的部署和官兵的士气情况，做到知己知彼。尔后，他精心制定了周密的作战计划。

　　8月中旬，朱可夫向叶利尼亚地区的德军发起进攻。战斗十分激烈。双方在所有地段同时展开激战。德军用密集的大炮和迫击炮火力图阻止苏军的进攻。朱可夫胸有成竹，沉着应战，下令动用方面军所有的飞机、坦克、大炮和新研制的“喀秋莎”火箭炮予以还击。在朱可夫卓越的指挥下，苏军于9月6日攻占了叶利尼亚。这次战役，苏军共歼敌近5个师，消灭德军约5万人。这是苏德战争开始以来苏军取得的第一次重大胜利；苏军的士气大为提高，胜利的信心更加牢固。斯大林听了这一消息，立即打电话给朱可夫，感慨地说，“你们是好样的！”并命朱可夫返回莫斯科。

　　9月8日，朱可夫回到莫斯科。斯大林紧握住他的手亲切地说：“你这一仗打得不错。你那时是对的（指朱7月29日的报告）。现在想上哪？”

　　“回前线去，”朱可夫干脆地说。

　　“回哪个前线？”

　　“您认为需要去的那个前线。”

　　斯大林脸上露出少有的舒心的笑容。他说：“去列宁格勒吧！列宁格勒处境十分困难。德国人如果夺取了列宁格勒，并且同芬兰人会合，就能从东北面迂回莫斯科，那时的形势就更加严重得多。”

　　朱可夫表示坚决服从，但他要求允许他带两三位将军去，替换过度疲劳的司令员们。斯大林说：“你愿意带谁就带谁去吧！”随后，斯大林又就各方面军领导改组及敌人下一步的行动征求了朱可夫的意见。

　　哪里危急，朱可夫就会在哪里出现。

　　1941年9月9日，朱可夫带领他亲自挑选的三位将军，乘专机飞往列宁格勒。